山西五台山森林火灾火场已无明火
来源:山西五台山森林火灾火场已无明火发稿时间:2020-04-03 00:02:34


霍尔姆斯为这篇文章的通讯作者。官网简历显示,他擅长研究传染病的进化和出现,特别是RNA病毒跨越物种界限在人类和其他动物中出现的机制。他同时也是中国疾控中心的客座教授,以及复旦大学的名誉客座教授。值得一提的是,张永振和霍尔姆斯长期保持着学术合作,其合作团队在《自然》等学术期刊上发表多项成果。他们两人在多年前还到访过这场疫情的假设起源地之一——武汉华南海鲜市场。

此前的观察显示,第一批报告的COVID-19病例和武汉的华南海鲜野生动物市场有关联。值得一提的是,张永振、霍尔姆斯等人曾在2014年亲身探访过该市场,霍尔姆斯提供的一张照片显示,当时该市场即出售野生动物。

在此次疫情尚不为外界警觉时,即2019年12月26日,张永振、霍尔姆斯等人获得了武汉中心医院一名患者的病毒样本。1月5日凌晨,研究团队从样本中检测出一种新型SARS样冠状病毒,通过高通量测序获得了该病毒的全基因组序列(GenBank:MN908947),并立即报告了相关部门。1月11日,研究团队在病毒学网站(virological.org)发布了所获得的新型冠状病毒全基因组序列,系全球最早公布该病毒序列的团队。

除了蝙蝠之外,科学家也要重视中间宿主的作用。尽管蝙蝠可能是这种病毒的宿主,但它们与人类之间普遍的生态隔离使得其他哺乳动物作为“中间宿主”或“放大宿主”成为可能。在中间宿主中,新冠病毒能够获得部分或全部有效的人类传播所需的突变。在SARS和MERS事件中,果子狸和骆驼分别扮演这样的角色。

此次疫情临床病例开始出现后,张永振等人即试图确定致病病原体的基因组序列。他们的研究对象来自2019年12月26日入住武汉中心医院的一名患者,当时已经发病6天。该患者出现发热、胸闷、咳嗽、疼痛和虚弱,伴有肺部异常提示肺炎,这些症状随后在COVID-19中很常见。

作者们认为,这些插入事件反映了正在进行的冠状病毒的自然进化。虽然RmYN02在S蛋白上与新冠病毒有相当大的差异(序列相似性大约72%),但在最长编码基因去1ab上亲缘关系最接近(核苷酸序列相似性大约97%)。

香港大学公共卫生学院新发传染病国家重点实验室管轶教授、广西医科大学胡艳玲教授的团队最近的研究成果显示,他们在走私到中国南部(广东和广西)的马来亚穿山甲中发现了与新冠病毒密切相关的病毒。“它们携带着一种和新冠病毒相关的病毒,这强烈表明,更多样的β冠状病毒存在于大自然的多种哺乳动物中,但尚未取样发现。”张永振等人表示。

作者们提到,2013年在中国云南采集的中华菊头蝠样本RaTG13和新冠病毒在核苷酸序列水平上相似性为96%。尽管存在这种序列相似性,但新冠病毒和RaTG13在许多关键的基因组特征上存在差异,其中最重要的一点是,新冠病毒包含了S蛋白S1和S2亚基交界处的一个多碱基(furin)酶切位点插入(PRRA残基)。

作者们在2020年1月5日获得一个完整的病毒基因组。初步分析表明,该病毒与SARS样病毒(冠状病毒科)密切相关。他们立即将这一结果报告给了相关部门,并在同一天向NCBI/GenBank提交了基因组序列(Wuhan-Hu-1毒株)。随后,在爱丁堡大学Andrew Rambaut博士的帮助下,作者们于2020年1月11日在开放获取病毒学网站(http:// virological.org/)上公布了该病毒的基因组序列。随后,中国疾控中心在公众访问GISAID数据库(https://www.gisaid.org/)发布了新冠病毒基因组序列,以及相关的流行病学数据。

他们代表了参与新冠病毒初始基因组测序工作的最早一批科学家,试图厘清其起源脉络。